两个贵州山羊品种ghsr和ghr_省略_因遗传变异及其与生长性状的关联性_宋桃伟

来源： 　作者：　 时间：2015-09-08

【摘要】【目的】探讨GHSR和GHRL基因作为山羊体重体尺性状候选基因的可能性，寻找与山羊生长性状相关的分子遗传标记。【方法】以贵州白山羊和贵州黑山羊为研究素材，采用DNA混合池结合PCR产物直接测序及PCR-SSCP技术检测GHSR和GHRL基因的单核苷酸多态性，利用SPSS(18.0)软件GLM统计模型分析基因SNPs不同基因型及合并基因型与贵州山羊生长性状的关联性，同时采用在线软件对GHSR基因进行生物信息学分析。【结果】在GHSR基因外显子2和3′UTR分别检测到G200A同义突变和T628C位点，而在5′UTR区和外显子1则未发现多态性。设计一对特异性引物对G200A位点进行PCR-SSCP分析，表现为3种基因型，依次命名为GG、GA和AA。GG基因型为优势基因型，在贵州白山羊和贵州黑山羊母羊群体中等位基因G为优势等位基因，其等位基因频率分别为0.6731和0.5243。而在贵州黑山羊公羊群体中A则为优势等位基因，其频率为0.5122。多态信息含量均表现为中度多态(0.25＜PIC＜0.50)。在GHRL基因内含子2处发现1个G141A突变，外显子2和外显子4处分别检测到2个同义突变(T78C和C14T)，设计一对特异性引物对C14T位点进行SSCP分析，显示为2种基因型CT和CC。在所有试验群体中，CC基因型为优势基因型，其频率分别为0.7692、0.9417和0.9390，等位基因C为优势等位基因，其频率依次为0.8846、0.9709和0.9695，多态信息含量均显示为低度多态(PIC＜0.25)。χ2检验显示所有试验群体G200A和C14T位点基因型分布均符合Hardy-Weinberg平衡(P＞0.05)。关联分析表明，GHSR基因G200A位点与山羊体重、体高、体斜长和管围显著相关(P＜0.05)，纯合子GG基因型优势较为明显，贵州白山羊GG基因型个体的体高显著高于GA基因型个体和管围显著高于AA基因型个体(P＜0.05)。C14T位点贵州黑山羊(公羊)CC基因型个体的体重、体高和胸围显著高于CT基因型(P＜0.05)。组合基因型对体高和胸围指标的影响显著(P＜0.05)，表现为CCGG合并基因型个体的体高显著高于CCAA合并基因型个体(P＜0.05)。生物信息学分析揭露，GHSR基因5’UTR处未检测到核心启动子区和CpG岛，仅发现1个CAAT-box和部分潜在的转录因子结合位点，G200A导致mRNA二级结构发生明显变化。GHSR蛋白二级结构以α-螺旋为主(48.90%)，三级结构及跨膜螺旋结构预测表明该蛋白是膜蛋白。【结论】研究初步推测GHSR基因和GHRL基因多态性及合并基因型对山羊生长性状具有较显著的影响，G200A和C14T位点可作为山羊生长性状的有效遗传标记用于指导山羊的分子育种。
【关键词】GHSR基因; GHRL基因;遗传变异;生长性状；关联分析
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